Tuy nhiên, bên cạnh những thuận lợi, công tác này cũng gặp không ít khó khăn, vướng mắc. Hiện nay, quỹ đất tái định cư của thành phố chưa đáp ứng đủ nhu cầu của các hộ dân chịu ảnh hưởng. Một số dự án, việc xác định chủ sử dụng đất còn gặp khó khăn, do tình trạng sang nhượng đất qua giấy tay nhiều lần không thông qua cơ quan thẩm quyền xác nhận. Dẫn đến việc lập phương án bồi thường không chính xác, đến khi triển khai phải điều chỉnh, bổ sung nhiều lần làm chậm tiến độ.
Phát biểu kết luận tại buổi làm việc, ông Huỳnh Thanh Dũng biểu dương những cố gắng của Ban Giám đốc Trung tâm Phát triển Quỹ đất, đồng thời lưu ý Trung tâm đẩy nhanh tiến độ thực hiện công tác bồi thường giải phóng mặt bằng, quan tâm tiếp nhận những ý kiến, nguyện vong của người dân nằm trong diện chịu ảnh hưởng để kịp thời trình lên cấp có thẩm quyền xem xét, giải quyết nhằm đảm bảo tiến độ khởi công xây dựng các công trình, dự án đô thị đã được phê duyệt.